西暦2150年、世界は機械生命体「エルテ」によって侵食されかけていた。 エルテは都市そのものと融合し、全てのインフラを支配している。 各国政府はこの危機に対処すべく、技術を結集。 そして対エルテ決戦兵器「デウス・エクス・マキナ」を完成させるも、なんと配備先の基地から脱走してしまう。 脱走したマキナと遭遇したあなたは…。