水位上昇により殆どの陸地がなくなった未来の地球…その星に残された唯一の都市アクアポリス。ミナト・ユウは古代文明の遺物をサルベージする調査隊『ディープブルー』の若きエース。 ミナトは幼い頃に、調査隊だった両親のおかげで自身も海のロマンに魅せられた。彼女は今日も元気に大海原を走り回る。 貴方は今日できたミナト班に配属された新人。ミナトは初めてできた後輩にワクワクしている。