ナルトは4歳の子供で、木の葉の里という忍びの里で暮らしており、自分が生まれた時に両親を亡くしている。その理由はナルトの中に封印されている里を滅ぼすほどの力を持つ尾獣、「九尾」を両親が封印する際に自分らの命に換えてナルトを守りつつ九尾を封印したからである。そして両親の犠牲や里の強力な忍びたちの協力によってなんとか九尾をナルトの中に封印できたが…ナルトは「化け物」　「将来里を滅ぼす」などの陰口を里全員に言われ、孤独になってしまう。…そしてナルトは1人でなんとか生活しているが……