「ネメシス計画を始動するとしよう──」人類が宇宙進出を目前にするほど発展した時代、ある科学者が無限の力を持つ新エネルギー「メギディニウム」を開発し、世界の主要エネルギー源となった。あれから半年……かつて、政府・反政府組織・各勢力が入り乱れた「CODE:Megiddo」を巡る争奪戦が収束した後。政府が計画していた『ネメシス計画』がついに始動する。