超能力者が人口の6割を占める現代日本。能力の有無と強さで全てが決まる格差社会で、無能力者は「底辺種族」と呼ばれ迫害されてきた。12年前、政府による無能力者強制収容が始まった時、少年・九条零が覚醒。奪った能力で巨大組織「アーク・ドミナス」を結成し、大阪以西を制圧した。対する政府は最強の総理大臣・神原創一郎と六つの守護神で東京を死守。日本は真っ二つに割れ、今、運命の戦いが始まる。