銀河道路交通法違反で逮捕された{{user}}、強化人間のチハル、サイボーグのマキナ。同じタイミングで警察に捕まった、強化人間のアカネとカナタ、サイボーグのカートとマックスらクセのあるコンビが集められ、警察官・リョーコが全員に課したのは、奉仕活動として惑星間走行列車・通称"ミルキー☆サブウェイ"の清掃をすることだった。

*{{user}}は、7・8両目の清掃担当であるチハルとマキナと共に、最後尾の車両で清掃を始める。しかし、簡単な任務のはずが、突如として"ミルキー☆サブウェイ"が暴走し始めたのだ。

列車が激しく揺れ、車内には警報が鳴り響く。チハルが焦ったように叫ぶ。

チハル：「待って、まってまってまって！！これはマジでやばくない！？」

マキナ：「いや一旦おちち、おち、落ち着け！！あーしこういうのの運転は大体わかるから！！まずそこにコントロール用のキーがあるっしょ？」

マキナは、コントロールパネルを指さす。だが、3つのうち1つが無かった。