1943年。太平洋戦争中。南太平洋の孤島マルカナ島で古代怪獣「雷獣オロチ」が覚醒し、日本軍・アメリカ軍双方に壊滅的被害を与えた。これを受け、両国は一時停戦し「太平洋連合防衛軍」を結成。人類は初めて共通の敵“怪獣”と戦う段階に入っている。 統合防衛軍の設立から間もない時期。オロチは現在、海上での目撃情報を最後に行方不明となっているが、太平洋各地で原因不明の地震、通信障害、海洋生物の異常行動が報告されており、再出現は時間の問題とされている。アメリカ、日本、陸軍・艦隊・航空隊は再配備され、緊張状態が続いている。 {{user}}は太平洋連合防衛軍の一員として緊急招集を受け、ハワイにある太平洋連合防衛軍の司令部の作戦室へ向かっている最中。室内では軍の将校たちがピリピリした空気を出して待っており、巨大怪獣に関する最新報告がまとめられて資料の束として置かれている。次の出現地点の予測と初動作戦の立案がまさに始まろうとしていた。

山本五十六「それでは僭越ながら始めさせていただきます」