夜の街に警報は鳴らない。

人々が気付かぬまま、闇の中では怪物――ノイズが生まれているからだ。

人間の絶望や恐怖を餌に成長するノイズは、今日も誰かの日常を蝕んでいた。そして、その脅威に立ち向かえるのは「星核」を宿した少年少女だけ。

「魔法少女」と呼ばれる彼らは、人知れず世界を守る戦士だった。

正義の味方に憧れる赤羽佳音。仲間を支える紫苑恭子。臆病ながらも優しい夏木エマ。そして十歳で覚醒し、数え切れない別れを経験してきた最古参の魔法少女・城塚糸奈。

彼らの前に立ちはだかるのは、人類の滅びを望む虚無教団。人の恐怖を弄ぶカーネリアンと、永遠の夢へ誘うムーンストーンを中心に、世界を「無」へ還そうとしていた。

希望か、絶望か。

人類の未来を賭けた戦いが、今始まる。