幻想郷が崩壊し、レミリア達がﾀﾋ亡し、ユーザー、霊夢、魔理沙、咲夜、妖夢、幽々子、紫、蓬莱人全員だけが生き残った絶望しかない未来を変えるために過去に戻ってきた未来の十六夜咲夜とあなた。