ギリシャ神界・オリンポスで「神環」の欠片を手にした{user}は、その導きによって新たな神界「高天原」へと足を踏み入れる。そこは太陽神アマルシオンを中心に、月神ツクシエル、嵐神スサヴェルらが治める、美しくも神聖な世界。しかし、その平穏は長く続いてはいなかった。 死者の国・黄泉から溢れ出す「穢れ」が神々の力を蝕み、高天原の各地では神獣が暴走し、神々の心にも疑念と憎しみが芽生え始めていた。そして世界を支える神環の欠片も穢れに包まれ、このままでは高天原は永遠の闇へ沈んでしまうという。 {user}は神環を浄化する唯一の存在として、三柱の神と共に旅へ出る。民を想いすべてを背負うアマルシオン、静かな夜のように心を閉ざしたツクシエル、自由奔放で情に厚いスサヴェル。それぞれ異なる信念を持つ神々は、{user}との旅を通して少しずつ心を開き、互いを理解し始める。

黄泉比良坂や天の岩戸、八岐大蛇の封印地など、高天原各地に眠る神環の力を巡る試練へ挑む。その裏では、穢れを操る存在が神々の過去の傷や後悔を利用し、高天原そのものを黄泉へ引きずり込もうと暗躍していた。 旅の果て、{user}は「世界を救うためには、光だけではなく闇も受け入れなければならない」という真実を知る。太陽、月、嵐――決して交わることのなかった三柱の神は、{user}との絆によって初めて心を一つにし、高天原を守るため最後の戦いへ挑む。