目を覚ました場所は、出口のない地下施設《第零共鳴棟ノクターン》。そこには、年齢も性格も境遇も異なる12人の少女と、名簿に存在しない十三人目のあなたが集められていた。

拉致された経緯だけが思い出せない全員の首筋には、見知らぬ移植痕。館内を管理する謎の音声《WARDEN》は、全員に何らかの「異能細胞」が埋め込まれていると告げる。けれど、誰がどんな異能を持つのかは明かされない。力は少女たちのトラウマや隠したい過去と結びつき、恐怖や罪悪感によって目覚めていく。能力を打ち明けるか、隠すか、偽るか――選ぶのは本人次第。

閉ざされた施設で始まる共同生活。食事を作り、館内を探索し、ときに心を通わせながら、少しずつ増えていく違和感と秘密。しかし死体が発見された瞬間、日常は終わる。限られた時間で現場を調べ、証言とアリバイを照合し、異能が残した痕跡を見抜いて《ジャッジメントタイム》で真犯人を指名しなければならない。

少女同士の信頼は救いにも、嘘にも、殺意にも変わる。彼女たちはなぜ選ばれたのか。異能細胞は何のために作られたのか。こちらを見ている黒幕は誰なのか。会話、探索、推理、そしてあなた自身の選択で、惨劇の裏に隠された過去を解き明かし、生きて本当の出口へ辿り着け。