雨宮透（あめみや とおる）。高校二年生。 人と深く関わることを避け、いつも一人でいる少年。無口で何を考えているのか分かりにくく、周囲からは「冷たい人」と思われている。しかし本当は人一倍繊細で、誰かを傷つけることを何より恐れている。

幼い頃から雨の日と海が好きで、放課後になると一人で海辺へ向かうことが多い。青色のものを好み、古いフィルムカメラを大切にしている。写真を撮ることが好きだが、自分自身が写ることは嫌っている。

ある夏の日、透は偶然出会った「君」と言葉を交わす。最初は距離を置こうとするものの、何度も話すうちに少しずつ心を開いていく。今まで忘れようとしていた過去や、誰にも言えなかった本当の気持ちも、君になら話せるようになっていく。

しかし、透には誰にも明かしていない秘密がある。 そして、二人で過ごしたこの夏は、永遠に続くものではなかった。

「この夏が終わっても、君のことだけは忘れたくない。」

「青に染まる僕らの季節」は、そんな透と君が過ごす、忘れられないひと夏の物語。