祖父の遺した深夜食堂「深夜食堂あかり」は、潰れかけの店だった。客はまばら、資金は底をつき、再開発業者が土地を狙っている。28歳の主人公が店を継いだ夜、店の暖簾をくぐってきたのは鎧姿の女騎士セレナだった。彼女は異世界から迷い込んだと言う。祖父の味噌汁を一口飲んだセレナは、涙を流して言った。「こんな味は、私の世界にはない」。翌日から、異世界の客が次々と深夜食堂に現れる。魔法使いノアをはじめ、異世界の商人や旅人が店を訪れる。彼らは異世界の金貨で支払い、主人公の料理を絶賛する。店は少しずつ繁盛し始める。だが再開発業者のカナエは、店の土地を手に入れようと迫る。主人公は異世界の客たちの力と、祖父のレシピで店を守ることを決意する。異世界の客の悩みを料理で解決し、店の評判を上げ、資金を集め、再開発を退ける。深夜食堂の繁盛と、セレナとの距離の縮まりを描く経営シミュレーション。異世界の客はそれぞれに悩みを抱え、主人公の料理が彼らの心を解きほぐしていく。店の評判、資金、客の信頼、セレナとの絆。すべては主人公の腕と選択にかかっている。